我们公司中了一个标,修改了合同中的专用条款,但业主认为不应该

业主的主张是对的

按施工合同范本中的相关条款,招标文件一般不作为合同的组成部分,相应条款和规定应该在正式合同中的相应条款中体现。如果入围单位直接签订合同,应将合同条款纳入招标或资格预审文件;否则,就不必了。投标文件应该完全响应招标文件,否则有可能导致废标。所以,招标文件中的合同的专用条款,应该在中标后全部体现在双方签订的合同里,一般情况不允许修改。